第二次大戦末期、八重山に住む民間人は日本軍の戦略でマラリア有病地に強制移住させられ、多数のマラリアによる犠牲者を出した。

この祈念館では戦争マラリアの実相を写真･資料･ビデオなどで紹介し、八重山地域から世界に向けて恒久平和の実現を訴える「平和の発信拠点」の形成を目指している。